本院復健科醫療服務，開始於1965年。
源自1965年2月15日美國籍潘瑪莉物理治療師到院服務，設立物理治療室，在南台灣可算是首創物理治療的醫院。當時，由謝艷秋小姐協助復健相關業務，當時設備簡單僅有二台電刺激器，治療腦中風、坐骨神經痛、退化性關節炎、顏面神經麻痺、小兒麻痺等復健，嘉惠不少雲嘉地區的病患。
為了提供趨增的病患更好的服務，於1991年聘吳政造物理治療師到任，除擴大物理治療室空間外，並聘請學有專精的物理治療師加入，以及增購新穎的儀器，1997年7月端木梁主任到職，於同年7月物理治療室更名為復健科，使整個物理治療團隊規模更加完善。
本院於2002年9月接受雲林縣政府委託籌，成立雲林縣第一間「發展遲緩兒童聯合評估中心」。針對零至六歲發展遲緩兒童設立特別門診，提供早期療育業務專業評估及治療需求。2003年3月吳炎村主任到任。同年8月重新換裝為－復健治療中心，佔地150坪，舒適的空間、全新的設備、一流的醫療團隊，成為雲林縣最具特色的復健治療團隊。鑒於雲林縣幅員廣大，且收托發展遲緩兒童及身障兒童之早療日托中心匱乏，醫院有感於偏遠鄉鎮早期療育資源有限，加上偏遠地區家庭結構多屬單親，多數孩子是隔代教養或新住民家庭，其家庭參與療育的量能往往也明顯落後，2006年醫院正式承辦雲林縣政府勞務委託「斗六早期療育日間托育中心」，2007年5月承接雲林縣政府OT案「斗六早期療育日間托育中心」，同年6月由「若瑟社會福利基金會」承辦「口湖早期療育日間托育中心」，2010年1月承辦「台西早期療育日間托育中心」，復健科團隊提供發展遲緩兒童及身障兒童的醫療服務，不遺餘力從未間斷。 2011年5月透過台北首都扶輪社募款協助，更於員工宿舍一樓裝修擴增「兒童復健治療中心」，增設物理治療、職能治療與音樂治療等專業治療區域，提供雲林縣早期療育，最優質的醫療環境。
目前由丁瑜萱主任帶領，讓復健團隊秉持著「全犧牲，真愛人，常喜樂」的服務理念，在穩定中成長茁壯。醫療團隊成員：復健專科醫師2位，治療人員25位。下設三組：物理治療組、聽語治療組、職能治療組。
物理治療成立歷史悠久，期間經歷許多成員的替換和新成員的加入，環境空間的擴大，以及設備的更新。目前物理治療人員共11位，是利用物理因子，不動刀，也不用藥，以最自然的方式，激發人體自然的修復能力，達到治療的目的，並依照專業分成三個部份骨科物理治療、神經物理治療、小兒物理治療，提供不同類型的病患最適當的治療。
聽語治療組1997年7月於B棟大樓二樓，開始聽語治療的服務。初期只有二位聽語治療師，進展到現在有四位專任語言治療師及一位專任的聽力師。治療師除負責門診、住院病人外，也定期至斗六、台西、口湖等早期療育中心，及支援發展遲緩兒童聯合評估中心的語言治療評估；協助個案改善表達及接受訊息的能力，儘早回歸正常有品質的生活。
職能治療組1998年2月成立，包含成人職能治療區、小兒職能治療區、手功能訓練室等專業治療區。本組目前職能治療師共10位，對於成人或小兒職能治療技術皆能適應與熟悉；感謝病患對團隊的支持與肯定，使得本科來院服務量也能穩定地成長。
「全犧牲，真愛人，常喜樂」為縣內民眾提供最有品質的醫療，作為雲林人的近人，一直是我們努力秉持的服務精神。未來強大的復健醫療團隊，可望再創高峰，持續激勵同仁以追求提供最完善的醫療服務。
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