若瑟醫院成立以來會計就隸屬於總務室,提供一般會計作業服務,當時的若瑟醫院仍為嘉義教區的附屬機構,隨著全民健保實施,面對日趨複雜的競爭環境,會計的功能亦日顯重要,遂於民國八十五年財務會計開始電腦化。民國八十七年若瑟醫院由嘉義教區獨立而出,改制為財團法人醫院,會計亦提升為會計課。民國九十年行政組織重新調整,會計課及出納由總務部分割出來,正式成立為會計室;95年預算編制建置完成,97年完成成本會計制度。
目前會計室人員編制為五人,主要職掌為帳務處理、財務及稅務管理、成本會計、預算編制、資金收付調度及運用。本部門將秉持著服務奉獻之精神,盡最大的心力做好財務、帳務、稅務規劃與管理,以提升本院競爭力,達成增加收益與節省成本之目的。