急診醫學科屬獨立編制，提供二十四小時內科、外科、婦產科、小兒科、骨科的綜合服務，需會診個案，90%以上可在三十分鐘內到達。於九十二年六月新院區成立後，遷移到現在區域，計有診療床14床及留觀床10床，共可擴床至28床。為顧及病患隱私權及使醫護人員執行治療時更具便利性，特別規劃急救室、外傷處理室、兒科、婦產科看診區、隔離室，提供各類急重症的緊急醫療處置。

本院為雲林縣「疑似性侵害」個案採証專責醫院，協助疑似性侵、自殺、家暴、疑似兒童虐待等個案之轉介與通報，此外，本院亦訂有大量傷患緊急處置應變計劃，並定期演習。