本院兒科醫療服務，正式於1975年。
創院初期，沒有兒科專科醫師也沒有細分科別，1969年由婦產科醫師、內科醫師兼看小兒科門診；住院都集中在一個綜合科病房；但是院方為了避免小孩感染，在醫院三樓設有獨立小兒科病房4~6床，皆由修女及助理護士照顧。於1975年成立小兒科，由到職的莊宏達醫師一人負責嬰兒室與兒科照護；續獲內科及婦產科醫師支援。當時，發現小孩需要有預防接種，同年醫院就設立公共衛生室；由剛到任的林素暖助產士幫忙，除健兒門診、預防注射外，針對早產兒出院後追蹤，到案家訪視幫早產兒洗澡，給予育嬰照顧衛教。
當時嬰兒的出生率極高，醫師人力除莊醫師外，幸賴內科蔡伯遜醫師及婦產科馬福龍醫師協助門診及嬰兒室值班，共同渡過艱難時期。1979年8月比利時籍葉秀珍醫師到院，肩負兒科系一切事務，細心經營奠定了往後的基礎。1980年小兒科從婦兒科正式獨立；兒科病房常處於滿床狀態，葉醫師為避免幼童間照護交互傳染，在單位區隔一間使用呼吸器的病房，為照護重症兒童；一間為本院出院及外院診所出生的早產兒、嬰幼兒生病住院照護；一間為嬰幼兒黃疸住院光療的病房。而嬰兒室在馬福龍醫師支援時，已設有照顧危急寶寶及早產兒專區；當時早產兒存活率偏低，在葉秀珍醫師帶領的專業團隊照護下，成立新生兒加護病房，照護最低存活體重為650公克。
隨著病患需要，有感雲林地區對兒童提供醫療照護仍嫌不足，為解決重症病童求診之不便，派兒科病房沈雪娥護士至彰化基督教醫院受訓後，於1985年協助葉醫師在舊棟三樓，成立雲林縣第一個兒科加護病房4床、中重度病床12床。於隔年，院方特聘請台北榮總醫院心臟權威醫師黃碧桃主任，與其團隊支援每月一次的小兒心臟科門診，之後陸續有台北馬偕醫院、長庚醫院、台中榮總、彰化基督教醫院等醫院，支援兒科門診及住院照護；並於1993年12月又成立了新生兒科，實為雲林地區病童造福。
因著病童遽增需求，相繼聘請兒科專任醫師加入服務，強大的團隊共同為兒科醫療寫下輝煌的歷史。
直至全民健保開辦後，於1998年雲林地區較具規模醫院的小兒科醫師，大量離職開業，導致整個雲林縣陷入無小兒科夜間急診的現況。而本院兒科醫師也流失許多，偏鄉地區醫師聘請不易，曾經一度只剩來自比利時籍的葉秀珍醫師獨撐；所幸經松喬神父、葉秀珍醫師，偕同時任雲林縣衛生局林柏煌局長多處奔走下，台中榮總及高雄長庚小兒部醫師適時伸出援手，輪調醫師前來支援緩解困境；基於天主教會創院理念，若瑟醫院繼續承擔全雲林縣唯一24小時小兒科夜間急診服務，直到現在。
近年來，各大教學醫院陸續進駐雲林縣，本院仍是唯一提供全天候小兒科急診住院之照護。目前在黃文欽主任帶領下，秉持創院宗旨及教會無私奉獻的精神，肩負起社會責任，如同耶穌基督所說「凡你們為我小兄弟中的一個做的，就是為我做的」而努力。為了提升醫療服務品質，2002年聘請兒科背景的黃崇濱醫師到院，接任醫院第二任院長，並延攬優秀小兒專科醫師加入。因應早期療育業務專業評估及治療需求，針對零至六歲發展遲緩兒童設立特別門診，並接受雲林縣政府委託，於9月籌設成立雲林縣第一間「發展遲緩兒童聯合評估中心」，集合本院各專業人員，帶動復健科兒童早期療育的業務需求。
於2003年醫院擬設立平安病房，小兒加護病房搬遷至新棟四樓，逐漸發展為今日的規模，醫療設備、儀器亦漸趨完善。兒科部提供服務範圍：包括兒童神經科、兒童腸胃營養科、新生兒科、兒童心臟科、兒童感染科、兒童免疫過敏風濕科、兒童腎臟科、兒童內分泌科、小兒胸腔、小兒外科、小兒心智科門診，嘉惠病童免於跨縣求診之虞，也讓兒科醫療照護團隊更完整。

(一) 兒科呼吸器
(二) 兒科心跳呼吸監視器
(三) 保溫箱(輸送型保溫箱、開放型保溫箱 )
(四) 新生兒處理台
(五) 經皮氧氣飽和度測定儀(Pulse oximerter)
(六) 移動型X-光機
(七) 移動型超音波機（均可施行小兒腦部、心臟及腹部超音波檢查）
(八) 氧氣帳
(九) 新生兒光療燈

(一)除醫院多間會議室及視聽教室外，本科有小型會議討論室，備有電腦、投影機，作病例討論及教學用途，並可24小時直接上網至各醫學相關網站查詢醫學資訊。
(二)本院圖書館有兒科相關中英文醫學書籍186冊，期刊19種。多種電子期刊。圖書館會舉辦各種醫學資源檢索之教育訓練課程，如Medline, UpToDate, Cochrane Library, MDconsult等。
(三)可利用醫院設備視訊作遠距連線教學。
(四)與台北榮總、台中榮總、高雄榮總及嘉義長庚醫院有建教合作關係及醫師支援。