中醫部秉持若瑟大聖精神，致力促進雲林社區民眾身心健康。目前共有醫師7名(專任醫師2名、兼任醫師5名)，提供醫院等級的中醫醫療服務。
設有內科(內、婦、兒)、針傷科及特別門診。另針對腦中風、脊隨損傷、呼吸困難、癌症等住院患者，推動中醫輔助治療，讓病人住院期間，有中醫介入治療，恢復得更快，獲致更好的生活品質。
 

• 內科、婦科、兒科、針傷科。(請參考各醫師專長)
• 特別門診(腦中風、心血管、腫瘤、三伏貼、注意力不集中、情緒障礙、助孕保胎、雷射針灸)。
• 中風後遺症、鼻過敏、氣喘、感冒、咳嗽、胃炎、胃酸逆流、失眠、產後調理、體質調理、運動傷害、關節疼痛、肌筋膜疼痛、新冠後遺症。
• 參與衛福部全民健康保險西醫住院病患中醫特定疾病輔助醫療計畫：

提供血液生化、血清免疫、細菌、鏡檢及自費健診等檢驗。

 ◎基本設備

  薰蒸機、紅外線儀、電針機、熱敷墊。

◎特色設備
 
  遠紅外線氣功機 、雷射針灸。