實驗診斷科依各室之功能分為八室：一般檢驗室、生化檢驗室、細菌檢驗室、血液檢驗室、血清免疫室、血庫、心電圖室、腦波室、肌電圖室。

本科目前之業務概況略述於下：

一、提供醫學檢驗內容

一般檢驗室提供尿液，糞便及體液等常規及特殊檢查，血液室提供血液常規檢查、凝血因子檢查，白血病及血液寄生蟲等檢查，血庫主要供應患者所需之血液，並提供ABO血型、Rh因子鑑定，輸血前檢查、交叉試驗、抗體篩檢與抗體鑑定等。生化室一般檢查項目有肝、腎功能的檢查，糖尿病檢查，血脂肪及電解質等相關項目檢查，特殊檢查項目有血中藥物濃度監測，荷爾蒙(甲狀腺與不孕症相關荷爾蒙)檢查、癌症相關因子等檢查。.血清免疫室提供一般血清梅毒、Widal test、ASLO、CRP、RA、C3、C4、Amoebic Antibody、過敏原檢查、自體免疫檢查、免疫血清、病毒（A型、B型、C肝炎、德國麻疹、輪狀病毒、腸病毒、呼吸道融合病毒、腺病毒）感染等酵素免疫檢查、細菌直接病原檢測及病毒直接病原檢測（幽門螺旋桿菌、披衣菌原體、輪狀病毒、腸病毒、呼吸道融合病毒、腺病毒）。細菌室執行一般細菌好氧與厭氧分離培養、黴菌分離培養、水質微生物培養檢查、環境微生物培養檢查、抗藥性試驗及染色檢查，生理檢查提供心電圖檢查、腦波檢查及肌電圖檢查。

二、臨床檢驗諮詢。

三、體檢檢體檢驗：勞工體檢、學生體檢、全民健保成人健康檢查等。

四、醫事技術、醫學檢驗生物技術學系學生實習。

五、輔導雲林縣檢驗品質。

六、雲林縣縣政府衛生局招標案檢驗品質查核。

七、雲林縣縣政府教育局招標案檢驗品質查核。

八、衛生署國民健康局新生兒先天代謝疾病篩檢， G-6-PD 缺乏症確認檢查指定醫院。

九、代檢服務：接受雲林縣中小醫院及檢驗所委託檢驗。

十、代訓服務：接受雲林縣中小醫院醫檢師臨床檢驗訓練。