本院於1957年成立修護中心，初期業務由鄭龍生先生負責土木建築工程，之後加入楊若望先生便擴展了工務業務，1970年9月1日畢耀遠神父自國外募款回來，開始負責總務及協助維修業務，並且擔任救護車司機，1975年春，董事會派畢耀遠神父擔任副院長兼任總務主任，除了原有的業務之外，陸續有林德旺(已故)與魯華坤先生負責水電、醫療儀器與機械設備等維修作業， 1989年派任劉勝利先生、魯華坤先生為修護中心的領班，1990年5月16日將修護中心改組正式成立工務組，於1994年3月，由於業務擴編改組為工務課，由林耀聰先生擔任工務課長、張尚武先生為庶務課長；業務日日蒸上，於1995年總務室業務下設有：採購、庫房、人事、會計、出納、洗縫、營養室、工務課、庶務課等單位(清潔組業務歸護理部管轄)。
2001年，配合新大樓落成及醫療服務的擴展，重新規劃行政組織，原總務業務切割成會計、資材與工務三個獨立的部門，12月6日人事異動，將採購與會計等相關業務分開，各設有科室主任負責管理；原總務部單位名稱取消，成立勤務部，由張尚武課長晉升為主任，負責庶務、工務及清潔業務，後於2003年10月31日再次整併工務室與勤務室，稱為總務部，其業務有工務組、庶務組、醫學工程組及保全車輛組，2005年12月，將原有保全車輛組與庶務組合併為庶務組，張尚武主任於民國2012年7月31日榮退，8月1日由蘇大慶組長升任代理主任，2013年1月真除， 4月1日，將資材室調整隸屬於總務部，稱為資材組，6月1日，將醫事部病歷組管轄之總機業務，調整至總務部庶務組管理，目前總務部下設有工務組、庶務組、醫學工程組及資材組。
工務組：由林銘德組長負責，主要業務在於管理、維護全院房屋建築設施、機電、醫療氣體設備及支援醫療正常作業，並持續推動工務設備運轉、維護標準化工作，強化組員專業技能降低委外維修之目標。工作內容可細分為八大類：給排水系統、電力系統、空調系統、消防系統、弱電系統、機械設備、醫療用氣體、木工營繕及會議室管理等；在目前能源費用節節高升的環境下，除落實院內節約能源政策外，藉由設備改善更新，如宿舍區建立太陽能熱水系統、院區之熱水系統改由熱泵系統供應、冰水主機之汰換等等，提升設備運轉效能，達到有效降低能源使用、節省營運成本之目的。
庶務組：由洪婉亭組長負責，主要業務有廢棄物管理、停車場經營與管理、宿舍管理、公務車輛與救護車輛管理、院區安全管理、環境清潔管理、布服類管理、督導病媒防治業務執行、指標指示工程執行、團產險業務承辦以及總機通訊等業務。廢棄物由專責人員依廢棄物管理法規及分類處理作業規定執行，有關事業所產生之廢棄物加強實施分類、宣導及查核、並落實零廢棄之目標，並於2009年榮獲行政院環保署頒發2009年事業廢棄物與再生資源清理及資源減量回收再利用績效優良「特優獎」。在院內公務車輛部份，配合醫院所執行之各項醫療業務，配置有符合業務屬性之各款式車輛，包含：服務洗腎病人專用車輛、接送來院就診、復健及相關診療之服務車輛、救護車輛以及部分轎式與廂型公務車，由具備專業職業駕照之司機同仁執行各式勤務；院區安全管理則委由「萬安國際保全公司」承攬負責，主要包含醫院門禁、安全維護與治安事件之處理工作，並設置警衛緊急呼叫系統於各護理站，在全院更普設監視器，能於第一時間掌握院區的動態，發揮警戒預防之作為；在本院相關醫療勤務業務需求救護車部分，則委由「順彰救護車公司」負責承攬。環境清潔部分則由「皖美公司」負責維護醫院環境清潔工作。布服方面則由「美德耐公司」負責醫院各式布服類清洗、消毒、供應作業；以上各式承攬業務均由本組人員定期實施督導與查核，以維護服務品質。另外其它庶務性工作尚包括影印機管理、戰備防疫物資管理、站牌及長桌借用、制服管理等工作。
醫學工程組：由郭明芳組長負責，主要業務為院內醫療儀器的保養及維護，由於目前醫療儀器設備功能俱增、技術性也越高，對於院內的醫工人員能執行的維修作業，也因技術及零件的取得不易而減少。目前醫工組的工作，偏重在儀器保養校正及管理作業上。工作業務概略區分為現場作業與管理作業，現場作業為醫療儀器的安裝、請修作業與定期保養、校驗作業；管理作業為參與醫療儀器的採購評估、醫療儀器保養維護合約簽定與管理，醫療儀器電腦化管理作業。
資材組：由鍾淑芬組長負責，早期資材主要負責的內容，僅為醫療耗材的採購和庫存管理，為了能有效控制醫院資材支出成本，將原本落於各部門的採購業務收回，在確立資材核心業務後，2007年起陸續建立各種作業標準，如採購管理、供應商管理、財產管理、外包業務管理、衛材庫房管理等，及負責藥品常備藥比價；2009年完成採購e化系統及衛材物流供應系統，另為了讓採購作業更公開化與公平化，同年亦完成公開招標系統，並提供院外開標功能。目前除了工程外，資材組負責全院各類物料採購、管理與供應。